Cytoscape免费下载 v3.9.0 中文特别版

软件介绍

Cytoscape特别版是一款非常专业高效的生物信息分析软件，这款软件不仅可以支持TXT、SIF、GML等多种网络描述格式，同时我们还可以通过Cytoscape中文版来整合模块化网络和绘制生物科学联系网络图，从而帮助你完成信息数据的分析和编辑。

Cytoscape特别版还为我们的用户提供了强大的编辑工具，并且这款软件能够支持添加相应的注释信息。我们的用户可以利用Cytoscape中文版自身以及第三方开发的大量功能插件来进行操作，从而让你能够针对网络问题进行深入分析。

软件特色

1、支持多种分析方式，可以选择分析网络。

2、支持分析节点的子集、批次分析、加载网络统计信息。

3、绘制参数、从统计信息生成样式。

4、使用可扩展对话框界面显示网络统计信息。

5、在节点表中存储节点参数、在边缘表中存储边缘参数。

6、明亮的颜色映射标准ameters、暗色映射标准ameters、中间颜色映射标准ameters。

7、NetworkAnalyzer、Cytoscape网络浏览器。

8、合并流程、作业状态监视器、命令行对话框、执行命令文件。

9、选定的节点、带有选项的选定节点、命令行参数。

10、Cytoscape的快速游览、创建网络、嵌套网络。

软件功能

公共数据库客户端

Cytoscape是作为一个网络服务客户端工作的，这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库，导入网络和注释数据。这意味着Cytoscape可以直接连接到外部公共数据库，并导入网络和注释数据。目前，我们支持Pathway Commons， IntAct， BioMart和NCBI Entrez Gene。我们还将继续为热门数据库开发新的服务客户端。

互操作性

由于Cytoscape支持导入／导出标准文件格式，你可以很容易地将Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一个由 igraph 或 Bioconductor 生成的网络数据，Cytoscape 可以将该文件以文本表的形式加载，并以 PSI－MI 格式导出，供其他生物信息学工具或你自己的应用程序／脚本使用。

会话文件

你可以通过一键保存你的工作。所有的设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。它被称为Cytoscape会话（。cys）文件。Cytoscape 会话文件包括网络、属性（节点／边缘／网络）、桌面状态（选择／隐藏节点和边缘、窗口大小）、属性、一些插件状态和可视化风格。

布局

在二维空间布局网络。 有多种布局算法可供选择，包括循环、树形、力导向、边缘加权和yFiles有机布局。您也可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。

更快的渲染速度

提高了渲染性能，并优化了与大型网络的交互。Cytoscape现在为多达10，000个节点和3，000，000条边的网络提供了交互式用户体验。

新的面板选项

你的Cytoscape工作空间现在可以通过新的工作空间面板系统来定制你的可用屏幕空间。面板现在可以最小化，设置为浮动，或停靠在工作空间中。

自定义工具栏

您现在可以选择项目何时出现在工具栏中，减少杂乱无章的情况，并让您快速访问最常用的工具。

更新的分析器应用程序

网络分析器的核心应用程序已经重新设计。改进了用户界面，并增加了对Cytoscape自动化的支持，以便于从脚本和分析工作流中访问。

标签重新定位工具

现在可以在网络视图中快速直观地定位标签。

CyBrowser JavaFX更新

CyBrowser，Cytoscape 的网页浏览器，已经更新为使用 JavaFX 13。CyBrowser现在与现代网页和应用程序有更大的兼容性。

Cytoscape特别版安装步骤

1、双击安装包，进入软件的安装向导，直接Next。

2、接受许可协议才能Next。

3、选择安装路径，安装需要的空间不多，默认路径就好。

4、选择是否让软件默认关联*.cys文件类型，当然同意了。

5、Next后即开始安装。

6、几秒钟就finish了，还是蛮快的。

Cytoscape特别版使用技巧

怎么通过Cytoscape获得网络数据？

第一种是通过检索蛋白相互作用数据库构建网络。

Cytoscape欢迎界面：

如果启动时，没有显示欢迎界面，可以使用菜单”help” 》 “show welcome screen”打开。在欢迎界面，选择”From Network Database”，将弹出如下界面：

在搜索框中输入基因或者蛋白的名称，点击”Search”, 在结果框中选择有记录的数据库，”Automatic Network Merge”(自动合并网络)可以选择，也可以手动合并网络，最后点击”Import”。下图是其中得到的一个网络：

第二种得到网络的方法是通过Agilent Literature Search插件进行文本挖掘，通俗地来讲就是让机器帮你读文献。

安装Agilent Literature Search插件, 菜单”Apps” 》 “APP Manager”, 选择”Agilent Literature Search”, 点击”Install”进行安装，如下图所示：

安装成功后，会在菜单”Apps”下，看到”Agilent Literature Search”，点击使用它，如下图所示：

“Terms”框这里依然输入”KCTD10″，”Max Engine Matches(最多读多少篇文献)”这里设置为100，其他参数这里不做修改，你可以根据需要自行设置，点击绿三角图标进行文本挖掘。 下图是通过Agilent Literature Search插件文本挖掘得到的网络：